Äge seljavalu ja kaelavalu võib tekkida vale liigutuse või ülemäärase raskuse tõstmise järgselt (töötraumad, sporditraumad jne.). Kroonilise seljavalu põhjuseks võib olla harjumuspärane väär kehaasend, lülisamba staatiline ülekoormus (töö istuvas asendis või püstijalu). Selja ühe segmendi funktsioonihäire võib põhjustada valu nii häire kohas (lokaalselt) kui ka kaugemal (regionaalsed ja distaalsed valud nt. kätes või jalgades). Funktsioonihäirest ("selg on kinni") tingitud valu põhjuseks on tavaliselt kudede toitumishäire (isheemia),  mille  püsimisel  võib  lisanduda ka lihas-liiges põletik. Selja kudede/rakkude ainevahetushäired põhjustavad ajajooksul  kahjustusi (artroos/kulumine jne.) nii selja tagumistes väikestes fasett-liigestes kui ka eesmistes liigestes ja nendevahelistes diskides. Seljavalu püsimist või kordumist soodustab mehaanilisele põhjusele suunatud ravi puudumine st. piirdumine sümptomaatilise leevendusraviga (valuvaigistid, salvid jne.).

•  Siseelundite häiretest pärinev reflektoorne seljavalu

Selja-vaevused võivad olla tingitud ka esmasest häirest siseelundis. Näiteks maksa ja sapipõie haigus võib anda valu selja paremale poolele (abaluu piirkonda). Südame talitlushäire võib põhjustada valu vasakus küljes ja selja vasakul poolel (turi, abaluu, õlavars). Neeru, põie või günekoloogilised haigused võivad tekitada valu ja pinge alaselja piirkonda. Seega on soovitav seljavalu, kaelavalu või peavalu esinemisel pöörata alati tähelepanu ka võimalikule siseelundi probleemile, mis samaaegselt ravi vajab.

• Psühhogeenne seljavalu

Emotsionaalne stress võib põhjustada nii lihaspinget kui sellega kaasnevat lülisamba kaela- või seljaosa segmentide liikumisulatuse piiratust. Manuaalteraapia jääb edutuks, kui stressi põhjus jääb lahendamata. Kuid sekundaarse ravina võib manuaalteraapia (manipulatsioonravi) olla efektiivne ning mõjutada patsienti ja tema psüühilist heaolu positiivselt.